核酸染料可以和核酸分子結(jié)合，在激發(fā)光的照射下發(fā)射熒光，從而指示核酸的位置及大致的含量。高質(zhì)量DNA瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果是亮度適中、無(wú)“拖尾”或彌散現(xiàn)象、條帶單一的信號(hào)。由于DNA瓊脂糖凝膠電泳所需的步驟和試劑多，任何一個(gè)環(huán)節(jié)出錯(cuò)均可能導(dǎo)致電泳失敗。  

    在前期PCR產(chǎn)物電泳時(shí)發(fā)現(xiàn)，DNA分子呈條帶扭曲、不同相對(duì)分子質(zhì)量的DNA條帶分界不清和出現(xiàn)“拖尾”現(xiàn)象。在降低電壓、重新配制電泳緩沖液、更換電泳儀和電泳槽、更換新批次的瓊脂糖粉末并且請(qǐng)經(jīng)驗(yàn)豐富的科研人員重復(fù)電泳過(guò)程后，均未得到良好的DNA瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果。  

    核酸染料是一種以花青素母體為基礎(chǔ)，將苯環(huán)改良成鏈?zhǔn)浇Y(jié)構(gòu)的油性大分子。該染料不能穿透細(xì)胞膜進(jìn)入活體細(xì)胞內(nèi)，不易揮發(fā)而被吸入人體，且誘變性遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于溴化乙錠，是一種安全無(wú)毒、高靈敏的全新核酸染料。核酸染料含陽(yáng)離子基團(tuán)，可以與DNA的陰離子基團(tuán)非共價(jià)結(jié)合，在激發(fā)光照射下發(fā)出熒光，從而指示DNA的位置。  

    核酸染料可以影響瓊脂糖凝膠電泳時(shí)DNA條帶的質(zhì)量。在排除DNA本身質(zhì)量、瓊脂糖凝膠質(zhì)量、電泳液質(zhì)量以及電壓等因素后，若采用“膠染法”進(jìn)行DNA核酸電泳時(shí)出現(xiàn)條帶扭曲或“拖尾”時(shí)，應(yīng)考慮到核酸染料質(zhì)量的問(wèn)題。采用“后染法”或更換核酸染料的種類可改善DNA電泳條帶的質(zhì)量。